Lo primero es saber que un programa lo podemos encontrar de dos formas, el codigo sin compilar o ya precompilado para nuestra distribución.
También saber que aquí no es como un programa en GÌindos el cual trae ya sus librerias, aquí puede que necesitemos librerias que no tengamos ya instaladas, si es así, cuando compilemos nos dará un error, indicandonos cuales son las que faltan, debiendo ser instaladas.
Empezaré esplicando como istalar a partir de las fuentes:
El código fuente valdrá para cualquier distro, los encontraremos con las siguientes extensiones:
1 .tar.gz: Paquete tar comprimido con gzip
2 .tar.bz2: Paquete tar comprimido con bzip2
3 .tar.b: Paquete tar comprimido con bzip
4 .rar: Paquete tar comprimido con rar
5 .zip: Paquete tar comprimido con zip
Una vez descargado lo descomprimiremos respectivamente:
$ tar -xvzf
$ tar -xvjf
$ tar -xvIf
$ unrar e -kb
$ unzip
Nos creará una nueva carpeta donde lo hayamos descomprimido, entraremos en élla:
#cd /carpeta
Lo mejor es ver los archivos, los mas importantes son el Install y el Readme, los cuales recomiendo leer para ver que hay que hacer para instalarlo, los pasos a seguir están en Install, y en readme habrá notas del programa.
Lo corriente es hacer:
#./configure
#make
#make install
Lo primero para configurar, lo segundo para compilar en nuestra sesión, y lo tercero para instalarlo en los directorios del sistema.
Un programa asi instalado luego es dificil de borrarlo completamente, lo mejor es instalar uno ya precompilado para nuestra distro.
Instalación a partir de un paquete precompilado:
Estos paquetes ya vienen preparados para cada distribución, como yo utilizo debian, esplicaré este tipo de paquetes el cual será .deb. Lo primero es bajarse el paquete.
Instalar paquetes:

# dpkg -i

Eliminar paquetes:

# dpkg -r
# dpkg -P
El primero elimina el paquete, el segundo todo lo que creó.
Listar paquetes:

# dpkg -l
# dpkg -l
El primero nos muestra los paquetes instalados y el segundo nos mostrará los que contengan el patron que queramos.

De forma gráfica lo hacemos con Synaptic, gestor de paquetes que nos permite instalar el software
Esto es el repositorio de Debian, es como una especie de habitación donde estan todos los paquetes y cuando uno quiera, coge lo que necesite. Desde aqui podemos instalar, borrar o reparar programas.