Bueno como vemos el problema recae en ALSA, por lo tanto la primera solución sería pasar la salida de sonido por OSS de la siguiente manera:

mplayer -ao oss nombredearchivo

Esta es una manera, pero si queremos usar ALSA intentaremos el segundo metodo.

Depende de la distro añade la siguiente linea en uno de estos tres archivos:

/home/busi/.mplayer/config
/etc/mplayer/mplayer.conf
/etc/mplayer.conf

Añadimos esta linea:
srate=48000

NOTA: Si de ninguna de estas maneras hemos conseguido apañar el problema, prueba a bajarle el numero del srate.

Un saludo